临床上没有所谓的椎底脊索瘤，较多的见到的是骶骨脊索瘤，以及颈椎脊索瘤和胸腰椎脊索瘤几种类型。相对来说，肿瘤生长缓慢，但是由于其周围有重要的神经结构，因此在疾病的晚期往往会具有较强的侵袭性。虽然较少发生转移，但多数患者在被发现的时候，多数患者已经处于疾病晚期，体积较大，并且对周围组织侵犯较为广泛，手术切除难度较大。