骶管囊肿手术如果由富有经验的神经外科医生在显微镜下切除囊肿壁、严密缝合囊肿与蛛网膜下腔通道、必要时进行神经袖套重建，则手术是非常安全的。如能进行电生理监测，可进一步提高手术的安全性。手术显微镜下仔细轻柔地剥离囊肿壁与神经根的粘连，很少会造成瘫痪。但如果为复发性骶管囊肿，特别是以前曾采取骶管内囊肿抽吸注入药物或生物蛋白胶等方法或其他手术治疗者，手术风险相应提高，有导致术后下肢无力、甚至大小便功能障碍的风险。