骶管囊肿手术应在全身麻醉下由神经外科医生借助手术显微镜切除囊肿壁、严密缝合囊肿与蛛网膜下腔通道。手术创伤较小，在显微镜下仔细轻柔地剥离囊肿壁与神经根的粘连，对神经损伤小，手术较为安全。因患者在全麻下进行手术，术中也无任何痛苦。在术后为了伤口能更好地愈合，多需采取俯卧位3~5天，部分患者略感不适。不推荐患者采取局麻下骶管内囊肿抽吸注入药物或生物蛋白胶等方法进行治疗，因为术后常会造成神经根与瘢痕广泛粘连，甚至导致患者瘫痪和二便失禁。