寻常疣可以选用酞丁胺软膏、酞丁胺二甲基亚砜搽剂或者外用咪喹莫特霜、西多福韦凝胶等药物，也可以用斑螯素，加入火胶棉及醋酮溶液中外用，或者维A酸酒精溶液局部外用。除了外用药膏以外，寻常疣治疗包括全身治疗和局部治疗。
全身治疗则可以从中医中药方向，可以通过辨证论治的方法对症用药。
除了用药外，也可以通过外科的激光或者液氮冷冻法等方法进行治疗，治疗效果立竿见影，但是通过各种方法可能会有复发的情况。目前较常用的方法，也可以通过博来霉素皮损内注射的方法，让疣体萎缩坏死。