小儿衣原体肺炎潜伏期为较长，早期无明显的临床表现，患儿多不发热或偶有低热， 伴有咳嗽、食欲不振、恶心。严重时会并发肺气肿、肺不张、支气管扩张症、心力衰竭等疾病。
1、沙眼衣原体肺炎：症状多在生后2~12周出现，起病缓慢，多不发热或偶有低热，可有轻度呼吸道症状，然后出现咳嗽和气促，吸气时常有细湿啰音或捻发音，少数有呼气性喘鸣。约50%患儿同时患有结膜炎或有结膜炎病史。
2、鹦鹉热衣原体肺炎：潜伏期6~14天，发病呈感冒样症状，常有发热，咳嗽初期为干咳、有痰、呼吸困难或轻或重、肌痛、胸痛、食欲不振，偶有恶心、呕吐。如为全身感染，可有中枢神经系统感染症状或心肌炎表现，偶见黄疸，多见肝、脾肿大。
3、肺炎衣原体肺炎：临床表现无特异性，与支原体肺炎相似。起病慢，病程长，一般症状轻，常伴咽、喉炎及鼻窦炎为其特点。上呼吸道感染症状消退后，出现干湿啰音等支气管炎、肺炎表现。咳嗽症状可持续3周以上。