巧克力囊肿手术的费用在6000～20000元不等。因所做手术方式、手术医院的等级、所在地区的收费标准、所处地区的消费水平不同，手术费用会有一定差距。巧克力囊肿的手术方式分为开腹手术和腹腔镜微创手术，一般情况下开腹手术费用低于腹腔镜手术，二级医院收费标准低于三级医院，区县级医院收费低于市级省级医院。同一家医院同是巧克力囊肿，因手术难易程度、患者病情不同费用也会有所不同。