由于肥厚型心肌病可以可能导致猝死等情况的发生，所以一经诊断即应该积极治疗。药物治疗是基础，肥厚型心肌病的治疗主要有减少左心室流出道梗阻的β受体阻断剂等药物。另外，本病的后期可能会出现房颤，早期可能有阵发性房颤，晚期发持续性房颤出现。持续性房颤时，可能会形成心动过速，严重者可能会导致猝死，这时就需要用β受体阻断剂，减缓心室率，防止不良事件发生。另外，由于持续性房颤，血液在心房内形成涡流，有可能会形成血栓，血栓形成以后可能会形成脱落，栓塞等并发症。所以肥厚性心肌病，如果有房颤存在，需要抗凝，防止血栓形成并发症。