新生儿先天性心脏病手术一般都要在正中开胸全麻体外循环下进行。由于新生儿体重轻，各脏器功能不完善，手术风险极大，术后并发症多。为了减少并发症，体外循环需要膜肺；术后呼吸机使用时间长，呼吸道管理困难；体温要求高，必要时需要暖箱；肾功能衰竭需要腹膜透析治疗；滞留重症监护室时间长等，都会增加治疗费用。一般新生儿先心病手术总费用大约在6万元左右，复杂先心病手术总费用大约8万元左右。