慢性肾盂肾炎主要是由于合并复杂因素导致的，例如尿路有梗阻、先天畸形、糖尿病等，因此要先去除原因再考虑用药。在用药上，首选西药抗菌治疗，其次选择中成药辅助治疗。常用的中成药包括热淋清颗粒、泌尿宁胶囊、三金片、泌淋胶囊等等。上述药物的主要功效都是清热、利湿、解毒。急性期可选其一配合抗生素服用，切勿长期药物依赖。病情缓解期注意查找原因，控制易感染因素，例如控制血糖，多饮水，勤排尿，避免劳累，适当运动，增强抵抗力等等。