亚急性感染性心内膜炎以草绿色链球菌为最常见的致病菌。草绿色链球菌从口腔中进去血液的机会大，粘附性比较强，而大肠杆菌粘附性差，虽然它导致菌血症比较常见，但是很少导致心内膜炎。其次是D族链球菌（牛链球菌和肠球菌）、表皮葡萄球菌、其它细菌比较少见。还有真菌、立克次体和衣原体为自体瓣膜心内膜炎的少见的致病微生物。通常亚急性感染性心内膜炎多发生在有器质性心脏病的患者中。