亚急性感染性心内膜最常见的死亡原因是动脉栓塞，有赘生物引起的动脉栓塞大约占20-40%，大部分尸检的时候检查出，栓塞可以发生在身体的任何部位，脑、心脏、脾、肾、肠系膜和四肢为临床上常见的体循环动脉栓塞位置。脑栓塞的发生率大约占15-20%。在有左向右分流的先天性心脏病或者右心内膜炎的时候，肺栓塞常见。