小儿脑干胶质瘤的病因尚未完全清楚，因此没有特别的预防手段。可参照一般的肿瘤预防方法，在日常生活中改变不良生活习惯，进行该疾病的预防。
（1）避免有害物质侵袭。不吃生冷、不干净的食物，对家居环境包括餐具都进行消毒，保证良好的生活环境。
（2）提高机体免疫力。注意饮食，营养均衡充足，多吃新鲜的瓜果蔬菜；增强锻炼，提高儿童抵抗疾病的能力。