骶管囊肿病情严重时多出现骶神经根受压、甚至骶神经根变性等症状，如臀部、骶尾部、大腿背侧、小腿、足部、会阴和肛周疼痛、麻木和膀胱直肠功能障碍，男性患者可出现性功能障碍、性交痛，女性患者可缺乏性快感。站立、久坐、咳嗽和其他屏气动作可使上述症状加重。有时患者表现为弥漫性、定位模糊的骶部疼痛，还有部分患者以会阴部马鞍区感觉异常为主，亦有部分患者表现为排尿功能障碍或性功能障碍、肛门烧灼样疼痛，于泌尿外科、男科、生殖医学科和肛肠科等误诊，但骶管囊肿本身一般很少危及患者生命，而是影响患者日常生活质量，妨碍患者的工作和学习，患者的生存期可能不会明显受影响。