口腔溃疡的发生是多种因素综合作用的结果，包括局部创伤、精神紧张、食物、药物、营养不良、激素水平改变及维生素或微量元素缺乏、系统性疾病、遗传、免疫及微生物在口腔溃疡的发生发展中可能起重要的作用，如缺乏微量元素锌、铁，缺乏叶酸、维生素B12以及营养不良等，可降低免疫功能，增加口腔溃疡发病的可能性。
血链球菌及幽门螺杆菌等细菌，也与口腔溃疡关系密切，口腔溃疡通常预示着机体可能有潜在系统性疾病，口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎、女性经期维生素B族吸收障碍症、植物神经功能紊乱症均有关系。因此，口腔溃疡的发生是多种因素综合作用的结果，应针对不同的病因加以治疗。