慢性根尖周炎一般无明显的自觉症状，多主诉咀嚼不适、咬合无力，有的患压可出现牙龈脓肿或窦道，根尖囊肿以及牙齿变色、失去光泽等，本病主要的并发症是海绵窦血栓。
1、反复疼痛：反复疼痛是本病最常见的主诉，多表现为钝痛或阵发疼痛。
2、咀嚼不适：患牙咀嚼无力，病人自觉不能用力咬物，如用力咬物会出现不适感，甚至疼痛。
3、牙龈脓肿或瘘管：有窦型慢性根尖周炎者，可查及位于患牙根尖部的唇、颊侧牙龈表面的窦管开口，也有开口于患牙活侧牙龈者，偶尔还可见有开口位于远离患牙根处，这就是通常所说的牙龈“起包”，也是大多数病人就诊的原因。
4、根尖周囊肿：根尖周囊肿可由豌豆大到鸡蛋大，小囊肿在牙龈表面大多无异常表现，较大的囊肿，可在患牙根尖部牙龈处呈半球状隆起，不红，扪时有乒乓感，富有强性。囊肿过分增大时，因周围骨质吸收并压迫邻牙，可造成邻牙移位或使邻牙牙根吸收。
5、牙冠变色：慢性根尖周炎多数牙齿牙冠颜色变暗，失去光泽，更有甚者牙齿颜色呈现黄褐色，甚至黑褐色。