尿道下裂是男童先天性疾病，具体病因不清，但应该与遗传及激素有关。它发病有遗传倾向，但涉及的基因还不清楚。胎儿睾丸激素影响男性外生殖器的形成，如果一个男胎睾酮产生不足、过迟，或者睾酮转化成双氢睾酮的过程中出现异常，均可以导致先天生殖器畸形，导致尿道外口异位、阴茎腹侧弯曲、包皮背侧堆积，就是尿道下裂的症状。