肥厚型心肌病的鉴别诊断，需要除外左心室负荷增加引起的心室肥厚。包括高血压、主动脉瓣狭窄、先天性心脏病以及运动员心脏肥厚等，这些情况引起的心肌肥厚多呈对称性。另外，还需要除外异常物质沉积引起的心肌肥厚，包括淀粉样变、糖元贮积症等。另外其他相对少见的疾病，比如嗜铬细胞瘤、Fabry病、心面综合征、线粒体肌病、Danon病、遗传性共济失调以及某些遗传代谢病也可以引起心肌肥厚，但这些疾病常伴有其他系统受累的表现以资鉴别。