肥厚型心肌病可以分为梗阻性和非梗阻性，在临床药物治疗时，需要根据不同血流动学的特点，采取相应的药物治疗。在临床上选用的药物主要有两大类：1.β受体阻滞剂；2.钙离子拮抗剂。它们主要作用是降低心肌收缩力，减慢心率，减轻运动时外周血管的扩张，从而降低左心室与流出道之间的压差。另外，肥厚性心肌病伴随心律失常时，也应该应用抗心律失常的药物。伴发房颤时也需要抗凝治疗。到末期出现心力衰竭时，也需要强心、利尿的药物治疗。