酒精消融是肥厚心肌病的主要治疗手段之一。其疗效比较确切，但是也会出现一些不容易预测的并发症。主要包括：一、大面积心肌梗死导致心衰和室壁瘤形成；二、室间隔大面积坏死可萌导致心脏穿孔；三、心脏传导束受累，导致患者出现心脏骤停或者房室传导阻滞，而需要植入心脏起搏器；四、因为侧支循环的建立，导致坏死的心肌细胞再次增厚，从而出现疾病复发。