肾结石的治疗原则是解除痛苦、解除梗阻、保护肾功能、有效去除结石、治疗病因、预防复发。保护肾功能是结石治疗的中心，具体的治疗方法需要个体化，根据患者的具体情况选择合适的治疗方法。
影响肾结石治疗的因素很多，包括患者的具体病情和医疗条件两大类。其中患者的病情包括结石的位置、数目、大小、形态、可能的成分、发作的急缓、肾脏功能，以及是否合并有肾积水、是否合并尿路畸形、是否合并尿路感染、可能的病因、患者的身体状况，以及既往治疗史都可能影响治疗具体方法的选择。医疗因素包括医生的技术、医院的医疗条件、设备等。
所以肾结石的治疗主要包括严重梗阻的紧急处理、肾绞痛的处理、合理有效去除结石、病因的治疗等。去除肾结石的方法目前包括排石、溶石、体外冲击波碎石、输尿管镜碎石、经皮肾镜取石、腹腔镜，或开放手术取石等方法。