巧克力囊肿的治疗方式要根据患者的年龄，生育要求以及囊肿大小来综合分析。巧克力囊肿的主要治疗方法包括手术治疗和药物治疗，当囊肿直径大于4cm、有痛经的症状药物治疗无效、合并不孕症时需要采取手术治疗。手术治疗主要方式是卵巢囊肿剔除手术。药物治疗包括口服短效避孕药、促性腺激素释放激素激动剂等，药物治疗是辅助治疗，手术是主要的治疗方式。