巨结肠的治疗有以下四个方面：一、保守治疗。对于诊断不明确的新生儿症状轻微的便秘，可以采取保守治疗，如扩肛。二、结肠灌洗。使用于诊断尚未肯定的病例，用于确诊病例的术前准备。三、结肠造瘘。已经确诊的病例，通过灌肠不能缓解症状，又因多种原因没有根治手术的条件的病例。四，根治手术。过去数十年，随着对巨结肠的认识不断加深，新生儿的重症监护水平的提高，可以有很多的新生儿孩子，可以达到根治手术的手术条件。