巧克力囊肿又称为卵巢子宫内膜异位囊肿，典型的卵巢内异症囊肿由于异位内膜向卵巢皮质侵入，月经期会反出血，机化形成。
囊肿一般不超过10cm，单房或多房，囊肿表面灰白色，镶嵌着棕色的斑块，常与周围组织有程度不等的粘连。囊肿内含咖啡色黏稠液体，故被称为巧克力囊肿，囊壁厚薄不一，其内壁部分区域光滑，但很多区域粗糙，上覆灰黄色、咖啡色、棕红色的小颗粒或小斑块。