细菌性痢疾的致病菌是志贺杆菌，俗称痢疾杆菌，属于肠杆菌科，革兰阴性杆菌，有菌毛，没有鞭毛，最适宜的环境是在需氧的环境下生长。志贺杆菌的血清型比较多，按照生化反应和O抗原的不同将志贺菌属分为四个血清群，即痢疾志贺菌、福氏志贺菌、鲍氏志贺菌和宋内志贺菌，其中又可以分很多血清型和亚型。
细菌性痢疾主要引起肠道疾病，病变主要在直肠、乙状结肠，引起直肠和乙状结肠的炎症和溃疡，表现为腹痛、腹泻、黏液脓血便及里急后重，可伴有发热及全身中毒症状，严重的会出现感染性休克和中毒性脑病。