针对囊虫病应采取预防为主，预防、治疗相结合的综合防治措施。主要通过确诊患者积极治疗、管理厕所猪圈、注意个人卫生、加强肉类管理等措施来预防。
1、治疗患者：患者自身的彻底驱虫治疗不但可预防他人感染，亦可避免自身感染，而且使猪的囊尾蚴病发病率下降。
2、改变养猪方式：建圈养猪，控制人畜互相感染。
3、注意个人卫生：革除不良习惯，不吃生肉，饭前便后洗手，以防误食虫卵。烹调务必将肉煮熟，肉中的囊尾蚴在54℃经5分钟即可被杀死，切生熟肉刀和砧板要分开。