结膜炎的治疗应对因治疗，根据致病种类的不同和病程分期的不同，治疗的眼药水也不同，没有绝对的好的眼药水。如果是细菌感染，可使用抗生素类眼药水，常用的有氯霉素、喹诺酮类、氨基糖苷类的眼药水等；若考虑病毒感染，可使用抗病毒眼药水，如更昔洛伟和阿昔洛韦眼药水等；如考虑衣原体感染的可局部滴用利福平眼药水；如考虑真菌感染，可使用抗真菌的药水如那他霉素，两性霉素b等；炎症反应重可用普拉洛芬等非甾体类抗炎眼药水；若是过敏性结膜炎应用抗过敏药物或低浓度激素类眼药水。