支原体感染早期使用适当抗菌药物可减轻症状及缩短病程，并有自限性。大环内酯类抗菌药物为首选药物，喹诺酮类药物、四环素类也用于支原体的治疗，疗程一般2到3周。因肺炎支原体无细胞壁，青霉素或头孢菌素类抗生素无效，对于咳嗽剧烈者，应适当给予镇咳药。若继发细菌感染，可根据痰病原学检测选用针对性抗菌药物治疗，治疗首选是红霉素。