脑囊虫病的临床表现有剧烈头痛、恶心、频繁呕吐，可有不同程度的意识障碍、昏迷、脑疝形成、癫痫发作、注意力不集中、记忆减退、认知障碍、理解判断力下降、抑郁、幻觉、妄想、精神错乱、尿便失控等。脑型肺吸虫病的临床表现为各种类型的癫痫发作、发热、畏寒、头痛、嗜睡、精神异常、抑郁、谵妄，体征可有偏瘫、单瘫、感觉减退、偏盲等。
脑型血吸虫病急性型脑膜脑炎型在感染后4-6周出现症状，轻者有嗜睡、高热、定向力障碍、意识不清、躁动不安、精神症状；重者抽搐、智能障碍、肢体瘫痪、昏迷、大小便失禁等，可以行头部CT及磁共振以助诊治。