双侧腔隙性脑梗塞的治疗，最主要就是针对相关危险因素进行治疗，危险因素主要包括高血压、颈动脉斑块形成、高血脂等。如果存在高血压，需要规律口服降压药，定期到心内科随访，调整降压用药。
如果患者存在颈部动脉斑块，早期需要完善头颈部血管超声。如果斑块较小，早期可以通过口服阿司匹林，进行抗血小板聚集治疗。如果斑块比较大，会引起颈动脉狭窄，可能需要进行支架手术。如果存在高脂血症，还要口服立普妥降脂治疗。
除此之外，需要积极控制糖尿病、心律失常等。在生活中需要低盐低脂饮食，多饮水，多吃蔬菜，保持大便通畅，减轻体重，注意休息等。