肛瘘通常都有肛周脓肿、自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，形成肛瘘的外口。它主要是经外口流出少量的脓液，污染内裤，有时脓液刺激会有局部的皮肤瘙痒感，外口如果暂时的封闭可以形成局部的红肿和胀痛，同时封闭的外口可再次穿破或者附近形成一个新的外口，如此反复发作。有的瘘管如果引流通畅，只有轻微的局部发胀，病人通常并不介意。肛瘘通过一个简单的直肠肛门检查即可明确。