食管克罗恩病一般以胸骨后疼痛、吞咽困难、吞咽疼痛、反酸等症状为主，伴有胃肠道其他位的病变时，可出现腹痛、腹泻、肠梗阻等表现，也可伴有发热、营养不良、体重下降、关节炎、口腔溃疡、结节性红斑等肠外表现。
1、食道表现：表现为胸骨后疼痛、吞咽疼痛、吞咽困难，进食固体食物、热食以及刺激性食物时症状加重。
2、消化系统表现：伴随胃、小肠、结肠等部位病变时，可以有腹痛、腹泻等症状，反复炎症活动造成管腔狭窄时可出现梗阻的表现。
3、全身症状：部分患者可有体重下降、发热、营养不良、结节性红斑、口腔溃疡、关节炎等肠外表现。