肛窦炎的治疗包括一般治疗和药物治疗，平时应该注意养成按时排便的习惯，并且每次排便之后最好是进行肛门的清洗，如果条件允许，每天睡前进行温水坐浴，能够改善局部的血液循环、减轻症状。另外，发病急性期可以应用温水或者抗菌素溶液进行肛管灌洗。而如果并发了感染和发热，应该静脉抗感染治疗，选择广谱的头孢菌素输入。