肛瘘的形成是肛周炎性疾病发展后的最末阶段，大多数的起因是，患了肛窦炎没有得到及时的治疗，而发展成为肛周脓肿。肛周脓肿自行破溃，或者手术单纯的切开引流排脓未处理内口都会形成肛瘘，加强说明一点，肛周脓肿一旦诊断明确应尽早采取手术治疗，以提高根治的机率，减少肛瘘的形成，降低对肛门功能的损害。另外一种形成肛瘘的原因是肛裂年限长的达到四期会出现潜行的瘘道，多为皮下瘘。