细菌性阴道炎根治的方法是选用厌氧菌治疗，主要用甲硝唑、替硝唑、克林霉素。甲硝唑是最理想的药物，可以全身用药，也可以局部用药。全身用药:甲硝唑片400mg，口服，每日2次，共7天；局部用药，甲哨唑制剂200mg，每晚1次，连用7天，对于哺乳期选择以局部用药为主。经过一个疗程治疗，以后停药一周左右到医院去复查，行阴道分泌物的检查，如果没有治愈，建议再给予一个疗程的治疗。