脑干出血恢复自主呼吸的方法主要包括以下几个方面：1、首先必须积极治疗原发病，因为脑干出血会影响到患者呼吸功能。因此，对于脑干出血需要积极的治疗，早期治疗主要包括使用药物及手术两方面。药物治疗方面主要是营养神经、清除氧自由基、脱水降颅压、护胃等处理。手术方面主要包括开颅血肿清除、脑室外引流等。随着治疗的开始，脑干出血的病情有可能会逐渐稳定，病情趋于稳定之后，患者自主呼吸也会逐渐恢复。2、如果是由于手术后使用镇痛、镇静药物，患者自主呼吸有可能会没有，待患者病情稳定后可以逐步停用镇痛、镇静药物，同时逐步停用呼吸机，患者自主呼吸也会得到恢复。