巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜侵犯到卵巢上形成的。初期异位子宫内膜侵犯卵巢皮质，可在卵巢表面形成紫蓝色或者红褐色的结节，随着病变的逐渐进展，异位病灶逐渐向卵巢内生长，并可随着月经周期出现反复性、周期性出血，从而形成单个或多个囊肿，并且囊肿可逐渐增大。通常囊肿的直径在5cm左右，较大的囊肿直径可以达到10cm以上，内含巧克力色液体，因此就称为巧克力囊肿。