肛瘘首先要先做专科查体，肛周视诊先看肛周有无外口；外口的局部情况及数量；指诊检查瘘管的走形等，外口通畅的配合探针探查明确瘘管的走形和肛门镜查看齿线及直肠粘膜充血情况。辅助检查:1.经直肠彩超，明确瘘管的走形、数目以及内口情况。2.相对复杂的肛瘘建议行盆底MRI，盆底MRI对于瘘管的显影比较清晰，尤其是瘘管的走形和内口方面比较有优势。