支原体肺炎的潜伏期是2-3周，通常起病较缓慢，主要的症状为乏力、咽痛、头痛、咳嗽、发热、食欲不振、腹泻，伴有耳痛和肌肉疼痛。咳嗽多为阵发性，存在刺激性呛咳、少量痰液，发热可持续2-3周，体温恢复后也仍然有咳嗽。
少数的患者表现为重症肺炎，肺外表现较常见，可有恶心、呕吐、腹泻和关节疼痛，伴有心肌炎、心包炎、肝炎周围神经炎、脑膜炎，还有皮肤的斑丘疹等肺外表现。体格检查可有咽部的充血，胸部检查与肺部的病变程度并不相称，可无明显的体征，听诊有细湿啰音，偶有胸膜摩擦音，治疗是以大环内酯类红霉素和阿奇霉素为主。