慢性结肠炎并没有特效药可以根治彻底。慢性结肠炎以腹痛、腹泻为主要特征，反复发作，临床主要通过药物治疗和手术治疗，治疗的主要目的是抑制炎症反应、保护肠黏膜、调节肠道菌群、缓解临床症状，减轻患者痛苦，提高生活质量。
临床上治疗慢性结肠炎可选择陈李济补脾益肠丸辅助治疗，该药物可分为内外双层，外层在胃中崩解，起到益气养血、温阳行气的作用，内层在肠道崩解，浓集有效成分，消除腹泻、腹痛症状，提高药物疗效。此外，该病还可对症治疗，如使用蒙脱石散止泻；使用阿托品等药物解除胃肠道痉挛等。症状严重或已经出现肠梗阻、肠穿孔等并发症时，需及时行剖腹探查术或腹腔镜手术治疗。