口腔溃疡的发生是多种因素综合作用的结果，包括局部创伤，精神紧张、食物，药物、营养不良，激素水平改变及维生素或微量元素缺乏。系统性疾病、遗传、免疫及微生物在口腔溃疡的发生、发展中可能起重要作用。如缺乏微量元素锌、铁，缺乏维生素b12，叶酸以及营养不良等，可降低免疫功能，增加口腔溃疡发生的可能性。血链球菌及幽门杆菌等细菌，也与口腔溃疡关系密切。口腔溃疡通常预示着机体可能有潜在系统性疾病，口腔溃疡与胃溃疡，十二指肠溃疡，溃疡性结肠炎，局限性溃疡，肝炎，女性经期，维生素B族吸收障碍症、植物神经功能紊乱症等均有关。