月经不干净的原因主要与内分泌失调或炎症有关。内分泌失调会引起月经不规律、来经时间或长或短及月经量的改变。建议去医院检测女性激素六项，根据检测结果，对症治疗。其次，也可能是因炎症引起的，比如宫颈糜烂、子宫内膜息肉、子宫肌瘤等。宫颈糜烂可以根据糜烂的程度不同，选择药物治疗或物理治疗。子宫内膜息肉可以做宫腔镜摘除术。子宫肌瘤可以根据瘤体的大小选择手术或药物治疗。