咽喉部的囊肿，本身是不会发生癌变的，但如果是同一个部位反复的形成囊肿，需要反复的手术切除，久而久之也有可能会发生癌变。这并不是囊肿本身发生了癌变，而是局部的粘膜反复的受到创伤，然后经历创伤修复导致的变化。不过同一部位反复的形成囊肿，这在临床上不多见，所以没有必要担心咽喉部的囊肿会发生癌变。