治疗排卵障碍的方法，主要采用药物进行调整月经和促排卵，还取决于导致排卵障碍的原因。引起排卵障碍最常见的原因，主要包括内分泌疾病，比如多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺功能异常，以及卵巢功能低下等等。另外，肥胖也是导致排卵障碍最重要的原因之一。
对于不同疾病所引起的排卵障碍，治疗方法并不相同，首先要治疗原发病，比如多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺功能异常等等，都需要使用相关的药物治疗原发病。肥胖者要控制体重，必要时需要给予促排卵治疗。