1、体格检查：一般通过视、触、叩、听来进行查体，观察神志、面容、感染的炎症体征，如是否有扁桃体肿大化脓、颈部强直、肺部浊音、肾区叩击痛等。
2、血常规检查：一般通过血常规检查，观察血细胞计数，判断是否有感染出现。一般细胞感染多表现为白细胞总数及中性粒细胞升高。
3、C反应蛋白：细菌感染常见C反应蛋白升高。
4、降钙素原：一般细菌感染降钙素原升高，败血症时降钙素原显著升高。
5、 细菌的分离培养与鉴定：
（1）分离培养：血液、痰、尿、粪便、体液等标本可根据可疑的病原学选择接种在不同的培养基上进行培养，观察培养基上生长出的菌落特征进行初步判断。
（2）形态学检查：将致病菌直接涂片染色后镜检有助于初步诊断。例如用抗酸染色法在患者痰中查见抗酸性细长杆菌，可初步诊断为结核分枝杆菌感染。用革兰染色法在脓液中发现G+葡萄串状球菌，可初步诊断为葡萄球菌感染。
（3）生化试验：生物化学鉴定是目前检测肠道细菌最常用的方法，如肠道杆菌根据其对糖和蛋白质的分解能力不同进行鉴定。现已有多种微量、快速、半自动或全自动生化反应试剂盒或检测仪器可供使用。
（4）药物敏感性试验：将分离培养后的细菌进行药敏试验，对指导临床选择用药、及时控制感染有重要意义。
6、抗原检测：不同病原体可表达或分泌特异性抗原物质，通过用已知抗体检测相应病原体抗原，即可诊断病原体的种类和型别。
（1）酶联免疫吸附试验（ELISA）：用酶标记已知抗体（或抗原），将已知抗原（或抗体）吸附于固相载体表面，使抗原抗体反应在固相表面进行，加入底物后，与固定于固相表面的酶发生酶促反应，形成有色产物，通过测定有色产物的多少，即可定量检测被检病原体抗原的含量。
（2）免疫荧光技术：用荧光素标记已知抗体，将其加到临床标本涂片或被感染组织切片表面，抗体与标本或感染组织中的相应抗原结合，若观察到标本中有荧光菌球形成或组织切片荧光，即可诊断相应病原体感染。
7、核酸检测：不同物种具有特定核酸序列，通过检测病原体的核酸序列即可特异性诊断病原体的种类和型别。
（1）PCR技术：具有快速、敏感、特异、简便等优势，常用于结核分枝杆菌、幽门螺杆菌等较难分离培养的细菌检测。
（2）核酸杂交技术：可检测血清、尿液或组织标本中有无相应病原体，可用于诊断结核分枝杆菌、军团菌、幽门螺杆菌、致病性大肠埃希菌等致病菌。
（3）基因芯片技术：是以基因连锁、限制性长度的多态性及连锁不平衡等基因定位方法为基础，以同源DNA分子杂交为基本工作原理而设计的检测方法，可对细菌进行系统分类和检测。
（4）寡核苷酸指纹图谱技术：主要用于追踪传染源及流行病学调查等方面的研究。
8、影像学检查：包括超声、CT、MRI等，可用于观察感染病灶所在位置、病变范围，有助于病原菌种类的判断，并评估体内各处脏器、骨骼受影响的情况及其严重程度。如X片可用于协助判断肺部感染情况，帮助监测疾病进展，评估脏器损伤。