巧克力囊肿中医治疗要辨证论治，气滞血瘀型可以用血竭、片姜黄、当归、川芎、柴胡、香附、三棱、莪术、制乳香、制没药、桃仁、红花等。寒凝血瘀型可用小茴香、高良姜、肉桂、附子、当归、川芎、红花、桃仁、香附，以及失笑散等。
热郁瘀阻型用血竭、大黄、牡丹皮、桃仁、赤芍、白芍、红藤、败酱草、失笑散、焦山楂、马齿苋、贯众，以及参三七等。气虚血瘀型可用黄芪、血竭、三七、炮姜、白术、补骨脂、赤白芍、当归炭、茜草炭，以及乌贼骨等。