寻常疣的病因为病毒感染—人乳头瘤病毒（HPV）感染。人乳头瘤病毒引起人类最常见的感染为皮肤疣，如寻常疣、扁平疣、跖疣、尖锐湿疣。人乳头瘤病毒有150多种亚型，个别亚型倾向于感染身体特定的部位，比如HPV-1感染足底引起跖疣，HPV-6/HPV-11多感染肛门生殖器及其周围引起尖锐湿疣。寻常疣多为HPV-2感染，它可通过直接接触破损的皮肤感染。