尿道下裂发病的病因并不明确，目前考虑的高危因素包括尿道下裂在胚胎发育中的异常，或者基因遗传因素等可以造成尿道下裂的发生。而激素和环境干扰物的影响会以诱发尿道下裂。激素影响主要包括胎睾雄激素生成不足或者异常，胎睾间质细胞过早退化，使雄激素刺激过早撤退，5α还原酶缺陷造成靶向组织双氢睾酮活性水平低下，男性外生殖器靶组织内雄激素受体的数量或者质量异常，造成不完全性的雄激素不敏感等。环境内广泛存在有类似雌激素作用的内分泌干扰物质，这些物质的污染会造成尿道下裂的发病率上升。