病毒性脑炎治疗后有一定的风险，有可能留有不同程度的后遗症，和疾病的轻症有关，疾病越重留有后遗症的可能性更大，所以治疗后仍然需要进行康复的治疗，比如营养神经药物，高压氧舱，康复训练等。