牙周脓肿首先可以进行药物性的治疗，例如口服大环内酯类药物，例如螺旋霉素，红霉素等，还有青霉素类药物，阿莫西林，头孢类药物，头孢丙烯，头孢克肟等配合使用甲硝唑，替硝唑等米唑类抗厌氧菌感染的药物，而如果脓肿有波动感，需要先进行脓肿的切开，并且要在切开以后引流，局部涂布碘甘油，米诺环素等同时要对牙周进行序列性的治疗，先进行基础性的洗牙和龈下刮治，然后再进行牙周的手术治疗。