甲状腺功能减退症的病因比较复杂，最常见的是自身免疫损伤，主要有自身免疫性甲状腺炎（桥本甲状腺炎，产后甲状腺炎）。还有甲状腺破坏，较常见的为手术，碘131治疗。其他原因还有碘摄入过量，可以导致甲状腺疾病，发生甲状腺功能减退症。抗甲状腺药物过量时也会出现甲减。甲减致病原因复杂，但治疗比较简单，主要是甲状腺激素的替代。